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[Dyne 3rd 기초 실험방] DNA 전기영동2

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작성자 다인바이오 작성일12-08-13 13:49 조회9,858회 댓글0건

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DNA 전기영동2 (Agarose gel eletrophoresis)
()다인바이오 연구소


7. 전기영동 buffer

 

  전기장에서 DNA의 이동성은 완충용액의 이온 강도와 조성에 영향을 받는다. 이온 강도가 너무 낮으면 DNA 이동이 너무 느리고, 이온 강도가 너무 높으면 열이 발생하여 심한 경우 gel이 녹거나 DNA의 구조가 변형 된다.

 

  실험실에서 많이 사용하는 완충용액으로는 Tris-acetate(TAE) Tris-borate(TBE)가 있다.


8. DNA staining dye

  EtBr실험실에서 많이 사용되는 대표적인 staining dye로써, 브로민화 에티듐(Ethidium bromide) 또는 브로모에탄(bromoethane)의 약어(abbreviation)로 쓰인다.

얇은 판 모양의 고리화합물로, DNA 나선의 염기 사이에 들어가 결합

하므로 강력한 발암물질이자 돌연변이원(mutagen)으로 알려져 있으며,

UV에 노출되면 결합한 DNA를 통해 가시광선으로 변화시켜 발광된

band를 확인 할 수 있다.

또한, EtBr DNA의 이동속도를 10~15% 감소시키며, 취급 시 반드시 glove mask를 착용해야 하고 사용 후에는 정화시켜 폐기하여야 한다.


  이 밖에도 non-mutagenic / non-cytotoxic staining dye가 다수 개발되어 시판되고 있으며(e.g. LoadingSTAR, StainingSTAR), 양호한 감도 및 사용의 편의성으로 인해 수요가 증대되고 있다.


  DNA staining을 위해서는 일반적으로 pre(agarose gel mix 후 전기영동)-/post(전기영동 후 agarose gel을 염색)-staining을 이용한다.

 

9. DNA loading dye

  DNA loading dye의 조성

-  Bromophenol Blue(BPB) 0.25%

-  Xylene cyanol FF 0.25%

-  Glycerol 30%

 

  Bromophenol Blue(BPB), Xylene cyanol FF (-) charge를 띄기 때문에 DNA와 같이 이동하므로 전기영동 진행 상태를 UV를 비추기 전에 추측할 수 있게 해준다. BPB 1% agarose gel에서 약 500bp DNA와 비슷한 속도로 이동하며, Xylene cyanol의 경우 4kb DNA와 비슷한 속도로 이동한다.

 

  Glycerol은 고분자 물질로, DNAwellloading할 때 DNA buffer에 뜨지 않고 가라않도록 해준다.


10. References

- 생물학연구정보센터

- 화학공학연구정보센터

- http://www.wikipedia.org/






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